In linea di massima ti conviene stare con le vecchie FPGA con max+plus2 ed usare Quartus solo con le nuove, dal sito Altera (
http://www.altera.com/products/software ... users.html) si legge: Convert to Quartus II Software Recommended for all new CPLD, FPGA, and HardCopy ASIC designs
Ho sentito sui forum ufficiali di Altera che parecchi hanno avuto il tuo stesso problema, evidentemente nel riscrivere il sintetizzatore hanno cercato di ottimizzare pensando ai nuovi dispositivi anche se tecnicamente parlando era possibile evitare questo disguido
Ad ogni modo prima di trarre conclusioni affrettate hai controllato che di default Quartus non imponga dei vincoli particolare diversi da quelli di max+plus2 (parlo sopratutto di timequest)
Ciao